Virome of Swiss bats.  

Dissertation. 25 Seiten. Universität Zürich, Vetsuisse-Fakultät.

Volltext: https://www.zora.uzh.ch/id/eprint/201138/1/201138.pdf

Zusammenfassung:

Viele der kürzlichen Krankheitsausbrüche in Menschen hatten eine zoonotische Virusätiologie. Fledermäuse sind als Reservoirs für eine Vielzahl von Viren mit Potential für artenübergreifenden Infektionen bekannt. Um das Risiko einer solchen Übertragung durch Fledermäuse in der Schweiz zu beurteilen, haben wir das Virom in Gewebe- und Kotproben von 14 einheimischen und 4 migrierenden Fledermausarten bestimmt. Total wurden Genome von 39 verschiedenen Virusfamilien entdeckt, 16 davon die Vertebraten infizieren. Ganze oder partielle Genome von Coronaviren, Adenoviren, Hepeviren, Rotaviren A und H, und Parvoviren mit potentiell zoonotischem Risiko wurden identifiziert. In einer Bodenkotprobe einer Vespertilio murinus Kolonie wurde das partielle Genom eines Middle East respiratory syndrome-related Coronavirus (MERS-CoV) mittels Next generation sequencing nachgewiesen und mittels PCR bestätigt. Die meisten nachgewiesenen Genome gehörten zu Viren welche Insekten infizieren, was die insektenfressende Ernährung der untersuchten Fledermäuse reflektiert. Schlussfolgernd tragen Fledermäuse in der Schweiz natürlicherweise viele verschiedene Viren in sich. Metagenomische Analysen von nicht invasiven Proben wie Bodenkotproben könnten eine effektive Überwachung und frühe Erkennung von viralen Zoonosen unterstützen.

Abstract:

Many recent disease outbreaks in humans have zoonotic virus etiology. Bats have been recognized as reservoirs to a variety of viruses with the potential to cross-species transmission. In order to assess the potential risk of bats in Switzerland for such transmissions, we determined the virome of tissue and fecal samples of 14 native and 4 migrating bat species. In total, genomes belonging to 39 different virus families, 16 of which are known to infect vertebrates, were detected. Full-length or partial genomes of coronaviruses, adenoviruses, hepeviruses, rotaviruses A and H, and parvoviruses with potential zoonotic risk were characterized. Most interestingly, in a ground stool sample of a Vespertilio murinus colony the partial genome of a Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV) was detected by Next generation sequencing and confirmed by PCR. Most of the genomes detected belonged to viruses that infect insects, thereby reflecting the insectivorous diet of the examined bats. In conclusion, bats in Switzerland naturally harbour many different viruses. Metagenomic analyses of non-invasive samples like ground stool may support effective surveillance and early detection of viral zoonoses.

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